Wdrożenie KSeF – nadawanie uprawnień, realizacja płatności, regulacje wewnętrzne

Spis treści:

1. Pierwsze uwierzytelnienie w KSeF
2. Zarządzanie uprawnieniami
3. Model uprawnień dla jst
4. Niezbędne uregulowania wewnętrzne
5. Płatności po wprowadzeniu systemu KSeF
6. Szkolenia i wsparcie merytoryczne

Warunkiem sprawnego korzystania z KSeF jest przemyślane zaplanowanie hierarchii uprawnień, dzięki którym dostęp do systemu uzyskają osoby działające w imieniu jednostki i jednostek jej podległych. Podatnicy muszą też odpowiednio przeszkolić te osoby i wdrożyć procedury wewnętrzne zgodne ze standardami kontroli zarządczej.

Zgodnie z aktualnym stanem prawnym obowiązkowy Krajowy System e-Faktur (dalej: KSeF) wejdzie w życie:

• 1 lutego 2026 r. – dla podatników, których wartość sprzedaży przekroczyła 200 mln zł w 2024 r.;
• 1 kwietnia 2026 r. – dla pozostałych podatników, w tym jednostek samorządu terytorialnego.

Ustawodawca uznał jednak, że wdrożenie KSeF wymaga specjalnego okresu przejściowego, który potrwa do 31 grudnia 2026 r. W tym czasie podatnicy będą mogli stopniowo dostosować się do nowych wymogów. Przepisy zakładają bowiem, że do końca 2026 r.:

• podatnik może wystawiać faktury poza systemem KSeF, jeśli wartość pojedynczej faktury nie przekroczy 450 zł, a łączna wartość takich faktur w miesiącu – 10 000 zł;
• podatnik nie musi umieszczać numeru KSeF w tytułach płatności, w tym w przelewach wykonywanych w ramach mechanizmu podzielonej płatności;
• fiskus nie będzie nakładać żadnych sankcji za nieprawidłowości związane z techniczną stroną obowiązków dotyczących e-fakturowania.

Jednocześnie podatnicy będą mogli na stałe (także po okresie przejściowym) korzystać z trybu „offline24”, który pozwala im wystawić faktury bez połączenia z KSeF (np. w razie chwilowych problemów z internetem), ale wymaga dosłania jej do systemu najpóźniej następnego dnia roboczego.

Pierwsze uwierzytelnienie w KSeF

Dostęp do KSeF jest możliwy po odpowiednim uwierzytelnieniu się w systemie za pomocą pieczęci kwalifikowanej wydanej na jednostkę, przypisanej do jej identyfikatora NIP. Jednostka może wtedy przeglądać, wystawiać i otrzymywać faktury ustrukturyzowane, a także upoważniać inne podmioty do działania w systemie w jej imieniu (np. swoich pracowników, jednostki podległe, biuro rachunkowe, zatrudnione w nim osoby lub inne osoby spoza jednostki).

Zgodnie z wyjaśnieniami [1] Ministerstwa Finansów zamieszczonymi w sekcji pytań i odpowiedzi na temat KSeF jednostki niebędące osobami fizycznymi, które mają elektroniczną pieczęć kwalifikowaną zawierającą NIP, mogą korzystać z KSeF na podstawie pierwotnych uprawnień właścicielskich (przypisanych domyślnie do identyfikatora NIP podatnika) bez konieczności przekazywania dodatkowych wniosków czy formularzy do urzędu skarbowego. Jeśli jednostka nie ma takiej pieczęci, musi złożyć do urzędu skarbowego zawiadomienie ZAW-FA i wskazać w nim osobę fizyczną uprawnioną do korzystania z KSeF w imieniu podatnika. Osoba ta będzie potem mogła nadawać innym osobom lub podmiotom dalsze uprawnienia drogą elektroniczną w ramach KSeF. Wzór druku ZAW-FA znajduje się w załączniku do rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 grudnia 2021 r. w sprawie korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur (dalej: rozporządzenie w sprawie KSeF).

Zarządzanie uprawnieniami

Zgodnie z § 3 ust. 1 obowiązującego rozporządzenia w sprawie KSeF (a także przepisów, które mają wejść w życie po 1 lutego 2026 r.) uprawnienia do korzystania z tego systemu nadaje się, zmienia lub odbiera za pomocą oprogramowania interfejsowego dostępnego na stronie, której adres jest podany w Biuletynie Informacji Publicznej urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw finansów publicznych. Każda z tych czynności jest poprzedzona systemową weryfikacją uprawnień podmiotu, który je wykonuje.

Dzięki zarządzaniu uprawnieniami w KSeF podatnik umożliwia innym osobom lub podmiotom wystawianie faktur, realizowanie i identyfikowanie płatności oraz nadawanie dalszych uprawnień w imieniu tego podatnika.

Jednostka samorządu terytorialnego może nadawać uprawnienia, które dotyczą faktur tej konkretnej jst lub jej jednostek podrzędnych objętych centralizacją VAT. Dzięki temu jednostki podrzędne mają np. dostęp do faktur zakupowych i sprzedażowych i mogą terminowo realizować płatności albo identyfikować wpłaty otrzymane od kontrahentów.

Jednostki samorządu terytorialnego powinny przygotować wdrożenie KSeF we wszystkich jednostkach organizacyjnych, w tym ujednolicić procesy fakturowania, przygotować infrastrukturę IT, przeprowadzić szkolenia pracowników czy opracować procedury zarządzania uprawnieniami.

W świetle § 3 rozporządzenia w sprawie KSeF (§ 4 projektu rozporządzenia, które prawdopodobnie będzie obowiązywać od momentu wejścia w życie obligatoryjnego KSeF [2]) podatnik, który nadaje, zmienia lub odbiera uprawnienia do korzystania z tego systemu, musi podać:

• swój NIP;
• dane podmiotu lub osoby fizycznej, którym nadaje, zmienia lub odbiera uprawnienie:
  • NIP lub PESEL;
  • nazwę albo imię i nazwisko;
  • datę urodzenia osoby fizycznej, jeśli podatnik nie podał jej NIP-u lub PESEL-u;
  • numer i serię dowodu osobistego lub innego dokumentu potwierdzającego tożsamość osoby fizycznej wraz z krajem jego wydania, jeśli osoba ta nie ma NIP-u ani PESEL-u;
  • unikalne dane identyfikujące kwalifikowany podpis elektroniczny uprawnionej osoby fizycznej, jeśli podpis ten nie zawiera NIP-u i PESEL-u;
  • unikalne dane identyfikujące kwalifikowaną pieczęć elektroniczną podmiotu uprawnionego, jeśli pieczęć ta nie zawiera NIP-u (ten wymóg obecnie nie obowiązuje, ale pojawia się w § 4 wspomnianego projektu rozporządzenia);
• rodzaj uprawnienia;
• informację, czy podmiot lub osoba fizyczna, którym podatnik nadaje, zmienia lub odbiera uprawnienie, jest przedstawicielem podatkowym, o którym mowa w art. 18a ustawy o VAT.

Zgodnie z § 5 rozporządzenia w sprawie KSeF korzystanie z tego systemu wymaga uwierzytelnienia:

• kwalifikowanym podpisem elektronicznym albo
• kwalifikowaną pieczęcią elektroniczną, albo
• podpisem zaufanym, albo
• ciągiem znaków alfanumerycznych (z wyłączeniem znaków interpunkcyjnych) przypisanym do podatnika lub podmiotu uprawnionego i jego uprawnień, wygenerowanym przez KSeF po uwierzytelnieniu się podatnika lub podmiotu uprawnionego w sposób, o którym mowa w punktach powyżej.

Każdy z tych sposobów uwierzytelnienia jest powiązany z weryfikacją posiadanych uprawnień.

W § 6 projektu rozporządzenia, które prawdopodobnie będzie obowiązywać od momentu wejścia w życie obligatoryjnego KSeF, prawodawca nieco inaczej opisuje metody uwierzytelnienia. Zalicza do nich środki identyfikacji elektronicznej, dane weryfikowane za pomocą kwalifikowanego podpisu elektronicznego lub pieczęci elektronicznej albo certyfikat autoryzujący wytworzony przez KSeF (ta ostatnia metoda ma być dostępna po uwierzytelnieniu się w jeden z pozostałych wymienionych wcześniej sposobów).

Tak nadane uprawnienia bezpośrednie umożliwiają nadawanie dalszych uprawnień, wystawianie faktur oraz dostęp do tych faktur.

Model uprawnień dla jst

Ustawodawca obok standardowego modelu uprawnień stworzył też dodatkowy model, z którego mogą korzystać jst.

Aby skutecznie nadać uprawnienia w ramach tego modelu, jst musi wskazać identyfikatory NIP jednostek podrzędnych w formularzu NIP-2 składanym do urzędu skarbowego. Przyporządkowanie faktury do konkretnej jednostki podrzędnej scentralizowanej w ramach samorządu jest możliwe tylko wtedy, gdy wystawca faktury wpisze w jej treści odpowiednie dane identyfikujące taką jednostkę (poza danymi samej jst). Niestety uzupełnienie tych danych jest opcjonalne. Jeśli wystawca pominie ten krok, bardzo trudno będzie powiązać dokument z jednostką podrzędną, której on dotyczy. To oznacza, że jst powinna zadbać o odpowiednie wewnętrzne uregulowania na podstawie których zobowiąże kontrahentów do właściwego sporządzania faktur adresowanych do jednostek organizacyjnych jst.

Zgodnie z objaśnieniami [3] dotyczącymi KSeF podatnik (jst działająca jako sprzedawca) ma w tym systemie pełen zakres uprawnień pierwotnych i domyślnych (właścicielskich) do:

• nadawania uprawnień;
• nadawania uprawnień do zarządzania jednostkami podrzędnymi;
• wystawiania faktur;
• dostępu do faktur.

Wszystkie te czynności może też wykonywać osoba fizyczna uprawniona przez jst (sprzedawcę) do działania w jej imieniu. Osoba ta jest identyfikowana bezpośrednio po jej NIP-ie, PESEL-u lub zarejestrowanym tzw. odcisku palca certyfikatu podpisu (na podstawie zgłoszenia unikalnych danych podpisu kwalifikowanego). Może później elektronicznie nadawać uprawnienia do korzystania z KSeF kolejnym osobom (o ile uzyskała wcześniej taką możliwość w KSeF).

Jednostka samorządu terytorialnego powinna też uprawnić konkretną osobę w jednostce podrzędnej, aby ta mogła:

• nadawać kolejne uprawnienia w ramach tej jednostki podrzędnej;
• wystawiać faktury, w których:
  • jednostka podrzędna występuje jako Podmiot3 (dodatkowy podmiot, który nie jest nabywcą ani sprzedawcą);
  • jednostka nadrzędna występuje jako Podmiot1 (sprzedawca);
• mieć dostęp do faktur jednostki podrzędnej (działającej jako Podmiot3).

Osoba mająca te uprawnienia może elektronicznie nadawać dalsze uprawnienia w ramach jednostki podrzędnej – umożliwiające wystawianie faktur, w których ta jednostka występuje jako Podmiot3, oraz dostęp do takich faktur.

Zgodnie z wyjaśnieniami zamieszczonymi w broszurze informacyjnej [4], która dotyczy struktury logicznej FA(3), faktury wystawiane w modelu jst powinny zawierać – w sekcji „Podmiot3” – dane jednostki podrzędnej działającej w imieniu jst, czyli nazwę jednostki podrzędnej i jej NIP. Jednocześnie w polu „Rola” należy ustawić wartość 7, która wskazuje jst jako wystawcę faktury. Tylko po spełnieniu tych warunków technicznych jednostka podrzędna może wystawić fakturę i mieć dostęp do dokumentu w KSeF w ramach modelu jst. W przypadku braku uzupełnienia sekcji „Podmiot3” faktura zostanie przypisana wyłącznie do jst jako wystawcy, a dostęp do niej będą miały wyłącznie osoby mające standardowe uprawnienia nadane dla jst, na której NIP wystawiono fakturę.

Niezbędne uregulowania wewnętrzne

W KSeF gromadzone będą dane dotyczące kontrahentów i użytkowników, wolumenu obrotów czy częstotliwości transakcji. Jednostki korzystające z systemu muszą więc wdrożyć procedury gwarantujące bezpieczeństwo informacji, uwzględniające m.in. pkt 10 i 13 komunikatu nr 23 Ministra Finansów z dnia 16 grudnia 2009 r. w sprawie standardów kontroli zarządczej dla sektora finansów publicznych. Zgodnie z tymi regulacjami procedury wewnętrzne, instrukcje, wytyczne, dokumenty określające zakres obowiązków, uprawnień i odpowiedzialności pracowników i inne dokumenty wewnętrzne stanowią dokumentację systemu kontroli zarządczej. Dokumentacja ta powinna być spójna i dostępna dla wszystkich osób, dla których jest niezbędna. Należy zadbać, aby dostęp do zasobów jednostki miały wyłącznie upoważnione osoby. Osobom zarządzającym i pracownikom należy powierzyć odpowiedzialność za zapewnienie ochrony i właściwe wykorzystanie zasobów jednostki.

Płatności po wprowadzeniu systemu KSeF

Zgodnie z art. 106nd ust. 2 pkt 8a i 8b ustawy o VAT (w wersji obowiązującej od 1 lutego 2026 r.) KSeF służy m.in. do:

• przydzielania identyfikatora zbiorczego dla co najmniej dwóch faktur ustrukturyzowanych wystawianych przez podatnika dla jednego odbiorcy oraz
• weryfikacji danych z faktur ustrukturyzowanych używanych poza KSeF.

Z kolei w myśl art. 108a ust. 3 pkt 3 ustawy o VAT (w wersji obowiązującej od 1 lutego 2026 r.) komunikat przelewu uzupełniany podczas zapłaty z zastosowaniem mechanizmu podzielonej płatności powinien zawierać m.in. numer faktury, w związku z którą dokonywana jest płatność, a w przypadku faktury ustrukturyzowanej – numer identyfikujący tę fakturę w KSeF.

Z art. 108a ust. 3a ustawy o VAT wynika, że jeśli jeden dostawca lub usługodawca wystawia na rzecz podatnika więcej niż jedną fakturę w okresie nie krótszym niż jeden dzień i nie dłuższym niż jeden miesiąc, to zapłata z zastosowaniem mechanizmu podzielonej płatności może dotyczyć więcej niż jednej faktury. Zgodnie z art. 108a ust. 3c ustawy o VAT (w wersji obowiązującej od 1 lutego 2026 r.) w takim przypadku w komunikacie przelewu:

• zamiast numeru faktury podatnik wpisuje okres, za który dokonuje płatności – w przypadku płatności za faktury wystawione poza KSeF;
• zamiast numeru KSeF podatnik wpisuje identyfikator zbiorczy nadawany przez KSeF – w przypadku płatności za faktury ustrukturyzowane.

Podatnicy, którzy opłacają faktury ustrukturyzowane przelewem z wykorzystaniem metody podzielonej płatności (od 1 lutego 2026 r. ci najwięksi, a od 1 kwietnia 2026 r. pozostali) będą więc musieli podawać w tytule przelewu numer identyfikujący fakturę w systemie KSeF, a nie numer faktury nadany przez daną jednostkę.

Ponadto od 1 stycznia 2027 r. przy opłacaniu wszystkich faktur za pomocą polecenia zapłaty lub przelewu będzie należało wskazać numer identyfikujący fakturę w KSeF. Jeśli podatnik będzie jednorazowo opłacał w ten sposób kilka faktur, musi uzyskać z KSeF identyfikator zbiorczy i wpisać go w poleceniu przelewu (zasady te wynikają z art. 108a i 108g ustawy o VAT w brzmieniu, które będzie mieć zastosowanie od 1 stycznia 2027 r.).

Gdy nabywca zapłaci sprzedawcy za kilka faktur wystawionych w KSeF, identyfikacja płatności za te faktury będzie wymagać identyfikatora zbiorczego wygenerowanego w KSeF. Numer ten może wygenerować – w generatorze identyfikatora zbiorczego – zarówno wystawca, jak i odbiorca faktury. Za pośrednictwem tego generatora można też sprawdzić numery KSeF poszczególnych faktur zawartych w przydzielonym numerze identyfikatora zbiorczego.

Szkolenia i wsparcie merytoryczne

Wprowadzenie KSeF to kompleksowa zmiana w systemie ewidencji i kontroli transakcji gospodarczych. Jednostki sektora finansów publicznych muszą przeprowadzić proces wdrożeniowy z uwzględnieniem wymogów technicznych, organizacyjnych i prawnych. Wymaga to skoordynowanych działań, które obejmują dostosowanie systemów informatycznych, przeszkolenie pracowników i wdrożenie procedur zapewniających zgodność z wymogami prawnymi.

Ministerstwo Finansów uruchomiło program szkoleń, dzięki którym podatnicy, w tym jsfp, mogą się przygotować do wdrożenia KSeF. Program obejmuje szkolenia online organizowane w delegaturach Krajowej Administracji Skarbowej oraz webinaria tematyczne dostępne na platformie e-learningowej. Zakres szkoleń obejmuje aspekty prawne, techniczne i praktyczne.

Jednostki sektora finansów publicznych powinny zapewnić przeszkolenie wszystkich pracowników zaangażowanych w proces wystawiania i ewidencjonowania faktur. Plan szkoleń musi uwzględniać role poszczególnych pracowników w tym procesie i zakres wykorzystywanych funkcji systemu, a także obejmować praktyczne ćwiczenia w środowisku testowym KSeF udostępnionym od września 2025 r. Szczególną uwagę należy zwrócić na oznaczanie faktur, generowanie kodów QR, weryfikację dokumentów, archiwizację i zarządzanie sytuacjami awaryjnymi. Są to bowiem fundamentalne elementy prawidłowego funkcjonowania w środowisku obowiązkowego KSeF.

 

Przypisy:

1. Ministerstwo Finansów, Pytania i odpowiedzi KSeF 2.0, 2 października 2025 r., tinyurl.com/ksef-2-pytania [dostęp: 27.10.2025].
2. Projekt nowego rozporządzenia jest dostępny na stronach RCL: legislacja.rcl.gov.pl/projekt/12379252 [dostęp: 28.10.2025].
3. Ministerstwo Finansów, Jednostki samorządu terytorialnego, grupy VAT, 17 marca 2025 r., tinyurl.com/ksef-jst-uprawnienia [dostęp: 28.10.2025].
4. Ministerstwo Finansów, Faktura ustrukturyzowana. Broszura informacyjna dotycząca struktury logicznej FA(3), Warszawa, wrzesień 2025 r., tinyurl.com/ksef-fa-broszura [dostęp: 28.10.2025].

Podstawa prawna:

• ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn. DzU z 2025 r., poz. 775 ze zm.)
• ustawa z dnia 16 czerwca 2023 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (DzU z 2023 r., poz.1598 ze zm.)
• ustawa z dnia 5 sierpnia 2025 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz ustawy o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (DzU z 2025 r., poz. 1203)
• rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 27 grudnia 2021 r. w sprawie korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur (DzU z 2021 r., poz. 2481 ze zm.)
• komunikat nr 23 Ministra Finansów z dnia 16 grudnia 2009 r. w sprawie standardów kontroli zarządczej dla sektora finansów publicznych (DzUrz MF z 2009 r., poz. 84)

---

Autor